Зайти по SSH или через терминал на хостинге/сервере в каталог сайта и выполнить команду:

zip --exclude="wa-data/public/shop/products*" --exclude="wa-data/protected/shop/products*" -r backup-date-27062023.zip .

Точка в конце обязательна!
Дату заменить на текущую
После формирования архива скачать его и удалить